经过初步分解的粪液流入第二格，而漂浮在***格粪池上面的粪皮和沉积在下面的粪渣则留下继续发酵。在第二格中，粪液继续分解，虫卵继续下沉，***、***逐渐死亡，粪液得到进一步无害化，产生的粪皮和粪渣厚度比***格***减少。这一格的澄清粪液较多，但空间较小，沉淀废渣要有足够的空间沉淀，为避免堵塞管道，通往第三室的排水管较高。同时为了避免***格排入的粪液与其形成直排，在平面上，两道管路也要错开。